2009年，当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视

受野立信次郎（竹野内丰 饰）之托从国外回来的大泽绘里子（天海佑希 饰）成为警视厅搜查一课的特别犯罪对策组的boss，但编派到她手下的组员却形态各异，来自科学搜查研究所调来的嗜睡如命的木元真实（户田惠梨

1993年，以“林氏盖饭”做招牌菜的饭店里有着幸福的一家，这晚三个孩子偷偷出去看流星躲过了灭门的惨案，当他们回来时发现父母已被刺杀身亡。到了2008年，大哥有明功一（二宫和也KazunariNinomiya饰）在一家料理店打工，却不肯为客人再做一次家传的“林氏盖饭”；二弟泰辅（锦户亮RyoNishikido饰）和妹妹静奈（户田惠梨香ErikaToda饰）在东京共租一个房间。三人的生活都有点吊儿郎当，是当年惨案以及相依为命成长的童年的后遗症。眼看到11月就会过了案件诉讼期了，他们三兄妹立誓一定要把当年杀害父

桔孝平即将退休，他和妻子千寻约好以此为契机结束婚姻。孝平是著名建设公司的骨干，他准备离职后进入年轻情人夏美开的建设事务所当合伙人。千寻当年遵循父命结了婚，三十年来一直专心打理家务，对丈夫言听计从。在孝平退休那天，千寻准备了一桌菜肴，女儿真纪也带着男朋友来庆贺，而孝平却和往常一样没有回家吃饭。正彦和光江经营着一家卖鱼铺，夫妻两人虽然经常斗嘴，但感情很好。正彦患上了糖尿病。遵从医生静夫的嘱咐，光江小心控制丈夫的饮食，并拉着他每天晚上去散步。正彦年轻时曾经组过乐队，他在乐器店的橱窗里看到一把保罗•麦卡特尼用过的

蓝泽的祖母绢江因急性肺炎被送到了在急救医疗中心工作的蓝泽等人处。只能让母亲紧急入院又不能陪同祖母的蓝泽倍感自责。之后，在事故中被摩托车撞伤的主妇和孩子陷入危急情况，紧急派遣了直升机。孩子心肺停止，虽然努力尝试心肺复苏，但孩子留下后遗症的可能性很大，明知这点还是施术了的蓝泽，为自己的选择是否正确而感到难过。白石因为自己造成了恩师黑田右臂被切断的原因，无法与这个过去告白而感到烦恼。另一边，也由于和自己著名的心脏内科医生父亲之间的父女代沟而苦恼。

前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。 　　在

经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即

时矢历彦（泽村一树饰）虽是老刑警，但是他在追踪犯时受伤，再加上知晓某个秘密而导致失忆。时矢失去了20年来的记忆，无论是常识还是搜查的技术全都忘记了。尽管与刑警有关的经验为“零”，他却依靠敏锐的五感和洞察力，以人们意想不到的方法解决案件。