位于长江和嘉陵江交汇处的地方，有一条古老的嘉陵巷。巷内住着一群欢乐的居民，他们和千千万万的山城普通老百姓一样，在这里休养生息。新世纪的阳光在这里这里折射出斑阑的七彩——他们嬉笑怒骂，说长道短，卿卿我我，恩恩怨怨，天下大事，鸡毛蒜皮，说不清，摆不完的龙门阵……传统与未来在这里冲突，习惯与潮流在这里摩擦……演绎了一幕幕妙趣横生的人间喜剧，真实动情，诙谐幽默。

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的

新世纪的高中生没有考上大学靠自学成材走向社会，成为国家栋梁的故事。

"在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾。与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……